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大豆NRT1.2同源基因的生物信息學(xué)分析

朱林; 左妍妍; 曹金山; 王小迪; 楊薇; 王幼寧 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)植物科學(xué)技術(shù)學(xué)院; 湖北武漢430070
  • 大豆
  • 氮素營養(yǎng)
  • 共生固氮
  • 生物信息學(xué)

摘要:AtNRT1.2已被證明在模式植物擬南芥中作為低親和硝酸根轉(zhuǎn)運蛋白參與硝態(tài)氮的吸收。為研究其編碼基因在大豆中的同源基因,進一步挖掘大豆中參與調(diào)控共生固氮的候選基因并為開展其功能研究奠定基礎(chǔ),本研究利用Phytozome、ProtParam、TAIR和SoyBase數(shù)據(jù)庫以及GSDS、TMpred Server、ClustalX 2.1和MEGA 7.0軟件,對NRT1.2在大豆中的6個同源蛋白的系統(tǒng)進化關(guān)系、基因序列、氨基酸序列、跨膜結(jié)構(gòu)以及表達模式進行生物信息學(xué)分析。系統(tǒng)進化分析發(fā)現(xiàn)GmNRT1.2a、GmNRT1.2b、GmNRT1.2c和GmNRT1.2d與菜豆和苜蓿等豆科植物的NRT1.2親緣關(guān)系較近。氨基酸序列比對分析發(fā)現(xiàn)GmNRT1.2a和GmNRT1.2b相似度較高,且GmNRT1.2s都含有類似的跨膜結(jié)構(gòu)。在表達模式方面,SoyBase的數(shù)據(jù)顯示GmNRT1.2s同源基因的表達存在較明顯差別,GmNRT1.2a和GmNRT1.2b在大豆根及根瘤中表達較高。以上生物信息學(xué)分析結(jié)果暗示GmNRT1.2s可能在參與硝酸鹽吸收的同時也介導(dǎo)大豆共生固氮過程。本研究結(jié)果為深入探究GmNRT1.2s在氮吸收與共生固氮協(xié)同調(diào)控大豆氮素供給的分子機制方面提供了一定的數(shù)據(jù)支持。

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大豆科學(xué)

  • 預(yù)計1-3個月 預(yù)計審稿周期
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  • 農(nóng)業(yè) 快捷分類
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主管單位:黑龍江農(nóng)業(yè)科學(xué)院;主辦單位:黑龍江農(nóng)業(yè)科學(xué)院

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