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我國首例輸入性裂谷熱病例病毒全基因組測序分析

潘陽; 崔淑娟; 陳麗娟; 呂燕寧; 盧桂蘭; 孫玉蘭; 李潔; 竇相峰; 李錫太; 黎新宇; 王全意 北京市疾病預(yù)防控制中心(北京市預(yù)防醫(yī)學(xué)研究中心)傳染病地方病控制所; 北京100013
  • 裂谷熱病毒
  • 全基因組測定
  • 二代測序
  • 基因變異
  • 進(jìn)化分析

摘要:目的對我國首例輸入性裂谷熱病例病毒進(jìn)行全基因組測定,分析其進(jìn)化來源及潛在變異。方法提取樣本核酸,非特異性反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增病毒基因組RNA,使用Ion Torrent二代測序儀進(jìn)行病毒全基因組測定。對獲得的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行序列拼接、比對、進(jìn)化樹構(gòu)建和關(guān)鍵位點(diǎn)分析。結(jié)果通過測定獲得了病毒全基因組11979nt,該測定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度最高(〉98%)。病毒Gn蛋白c端信號肽區(qū)存在1個氨基酸突變。結(jié)論本研究分析測定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現(xiàn)明顯變異。

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