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馬鈴薯StNF-Y核轉(zhuǎn)錄因子基因的克隆和生物信息學(xué)分析

史麗; 吳亞茹; 王曉娟; 常燕楠; 龐鵬湘; 郜剛 山西師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院; 山西臨汾041000
  • 馬鈴薯
  • 生物信息學(xué)
  • 電子克隆

摘要:為了研究馬鈴薯StNF-Y基因在非生物逆境中的作用與功能,在馬鈴薯抗青枯病基因型ED13中克隆了1個(gè)新的NF-YC轉(zhuǎn)錄因子(StNF-Y),并對其進(jìn)行生物信息學(xué)分析,預(yù)測其生物學(xué)功能。結(jié)果表明,StNF-Y基因的全長cDNA為1132bp,其開放閱讀框?yàn)?93bp,編碼230個(gè)氨基酸,氨基酸分子式為C1112H1735N317O339S10,等電點(diǎn)為5.37,含有13個(gè)磷酸化位點(diǎn);StNF-Y蛋白分布在胞質(zhì)中,無信號肽,屬于親水性蛋白,含有高度保守的結(jié)構(gòu)域,屬于BUR6superfamily家族;二級結(jié)構(gòu)顯示,StNF-Y蛋白主要由45.65%的α-螺旋、5.65%的延伸鏈、45.22%的無規(guī)則卷曲和3.48%的β-轉(zhuǎn)角組成。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示,馬鈴薯StNF-Y序列與番茄、辣椒和煙草NF-YC序列親緣關(guān)系較近。此外,StNF-Y在多種植物脅迫中起作用。因此,推測StNF-Y可能參與馬鈴薯相關(guān)脅迫抗性的調(diào)節(jié)。研究結(jié)果可為以后進(jìn)一步深入研究馬鈴薯StNF-Y的功能以及對逆境脅迫的抵抗機(jī)制提供理論依據(jù)。

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