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基于轉(zhuǎn)錄組金銀花AP2基因家族的生物信息學及表達分析

喬永剛; 陳亮; 崔芬芬; 曹亞萍; 王勇飛; 宋蕓 山西農(nóng)業(yè)大學生命科學學院; 山西太谷030801
  • 金銀花
  • ap2轉(zhuǎn)錄因子
  • 基因鑒定
  • 表達分析

摘要:為研究金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子參與低溫的應(yīng)答機制,本研究基于低溫下金銀花轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),利用在線生物信息學工具對金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子的理化性質(zhì)、亞細胞定位、磷酸化位點、蛋白基序以及進化分析進行鑒定和分析;利用實時熒光定量PCR檢測3個DREB基因和1個RAV基因在低溫脅迫下的表達情況。結(jié)果表明,在金銀花中共篩選了34個AP2轉(zhuǎn)錄因子,不同轉(zhuǎn)錄因子之間的理化性質(zhì)存在差異,表明其在不同的微環(huán)境中發(fā)揮不同的功能;亞細胞定位結(jié)果顯示,僅有2個AP2定位于葉綠體,其余均定位于細胞核,符合其作為轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控下游基因的表達特性;所有AP2的磷酸化位點均依次表現(xiàn)為絲氨酸>蘇氨酸>酪氨酸;根據(jù)AP2中所含有的AP2數(shù)量以及序列同源性,可將34個AP2分為四個大類,20個AP2屬于ERF亞家族,3個屬于DREB亞家族,RAV亞家族僅有1個,其余10個屬于AP2亞家族。實時熒光定量PCR檢測結(jié)果表明,DREB和RAV基因均能響應(yīng)低溫脅迫,且不同低溫處理時間的不同組織的表達量存在差異。本研究為闡明金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子響應(yīng)低溫脅迫的機制奠定了一定的理論基礎(chǔ)。

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核農(nóng)學報

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  • 農(nóng)業(yè) 快捷分類
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主管單位:農(nóng)業(yè)農(nóng)村部;主辦單位:中國原子能農(nóng)學會;中國農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所(前中國農(nóng)業(yè)科學院原子能利用研究所)

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