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縊蟶新品種“申浙1號”ScHsc70基因SNPs篩查與耐高溫性狀的關(guān)聯(lián)性分析

薛寶寶; 孟德龍; 任泓妤; 申奔龍; 牛東紅; 李家樂; 沈和定 上海海洋大學(xué)省部共建水產(chǎn)種質(zhì)資源發(fā)掘與利用教育部重點實驗室; 水產(chǎn)科學(xué)國家級實驗教學(xué)示范中心; 水產(chǎn)動物遺傳育種中心上海市協(xié)同創(chuàng)新中心; 上海201306
  • 縊蟶
  • hsp70基因
  • 單核苷酸多態(tài)性
  • 耐高溫
  • 連鎖不平衡

摘要:為獲取縊蟶ScHsc70基因單核苷酸多態(tài)性位點與耐高溫性狀的相關(guān)性,通過直接測序方法克隆了ScHsc70基因全長序列,長度為4048 bp,包括6個內(nèi)含子和7個外顯子,編碼區(qū)1950 bp,從其外顯子區(qū)域篩查到6個潛在的SNPs,分別命名為Rs1(g.588 C>T)、Rs2(g.840 C>T)、Rs3(g.885 T>A)、Rs4(g.1233 A>G)、Rs5(g.1467 T>G)、Rs6(g.1482 T>C)。利用Sanger測序方法,對縊蟶新品種“申浙1號”耐高溫群體和對照組群體潛在SNPs進行基因分型,遺傳多樣性分析結(jié)果顯示,兩個群體的多態(tài)信息含量(PIC)值在0.1112~0.3718之間,對照組群體的平均多態(tài)信息含量(0.2670)高于耐高溫群體的平均多態(tài)信息含量(0.2365)。ScHSc70基因SNPs與耐熱性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,Rs1、Rs3和Rs4的基因型頻率和等位基因頻率在對照組和耐高溫群體之間存在顯著性差異;單倍型連鎖不平衡分析結(jié)果顯示,ScHsc70基因SNPs可形成2個單倍體塊,7種單倍型,其中CCT單倍型與耐高溫性狀顯著相關(guān);本實驗發(fā)現(xiàn),Rs2和Rs3處于連鎖狀態(tài)(r2=0.86,LOD=25.56,Dx=1.0),可以作為縊蟶與耐高溫遺傳育種的SNP標(biāo)簽。綜上所述,Rs1、Rs3、Rs4和單倍型CCT均可作為縊蟶耐高溫遺傳育種的候選輔助分子標(biāo)記,為后續(xù)的抗逆性相關(guān)SNPs篩選與功能驗證奠定了理論基礎(chǔ)。

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