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特應(yīng)性皮炎患兒血清中microRNAs芯片的生物信息學(xué)分析

韓悅; 姚煦 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院皮膚病研究所; 南京210042
  • 生物信息學(xué)分析
  • microrna
  • 特應(yīng)性皮炎

摘要:目的:利用生物信息學(xué)方法分析特應(yīng)性皮炎(AD)患兒血清中表達差異的microRNAs (miRNAs),探討其靶基因的功能及調(diào)控的信號通路在疾病的發(fā)生發(fā)展中的作用。方法:從基因表達綜合數(shù)據(jù)庫(GEO)中下載8例AD患兒的血清和8名健康兒童的血清樣本中miRNAs的表達數(shù)據(jù),利用R 3.4.1軟件包篩選差異表達的miRNA,選取其中最具差異表達的miRNA進行后續(xù)分析并利用熒光定量PCR進行驗證。利用mirTarbase數(shù)據(jù)庫預(yù)測其靶基因,采用cytoscape 3.5.1軟件及其插件ClueGO、CluePedia進行靶基因的GO功能、KEGG信號通路富集。結(jié)果:在AD患兒血清中共篩選出相對于正常對照的差異表達miRNAs 7個,其中上調(diào)miRNAs 2個、下調(diào)miRNAs 5個。結(jié)合文獻選取其中最具差異表達的miRNA-126進行下一步分析。熒光定量PCR結(jié)果顯示,較于健康兒童,AD患兒血清中miRNA-126表達水平下調(diào)。數(shù)據(jù)庫共預(yù)測出靶基因110個,GO分析顯示差異表達基因主要涉及血管通透性的調(diào)節(jié)、RAC蛋白信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、內(nèi)皮細胞增殖的調(diào)節(jié)、基質(zhì)黏附依賴性細胞擴散、活化MAPKK活性、磷蛋白結(jié)合等功能,KEGG 分析提示其在包括FoxO信號通路、NF-κB信號通路、B細胞受體信號通路、VEGF信號通路等17個通路中富集。結(jié)論:利用生物信息學(xué)方法能有效對AD患兒血清中miRNAs芯片數(shù)據(jù)進行挖掘,為進一步研究AD發(fā)生發(fā)展機制及尋找潛在的藥物治療靶點提供參考。

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中國麻風(fēng)皮膚病

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主管單位:中國科學(xué)技術(shù)協(xié)會;主辦單位:中國麻風(fēng)防治協(xié)會;山東省皮膚病性病防治研究所

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