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基于PPI網(wǎng)絡(luò)預(yù)測和驗(yàn)證結(jié)直腸癌相關(guān)Hub基因

范馨月; 邵春瑩; 崔雷 中國醫(yī)科大學(xué)附屬盛京醫(yī)院; 遼寧沈陽110001; 中國醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)信息學(xué)院; 遼寧沈陽110122
  • ppi網(wǎng)絡(luò)
  • 網(wǎng)絡(luò)分析
  • 富集分析
  • 功能模塊

摘要:目的:通過PPI網(wǎng)絡(luò)分析確定CRC相關(guān)Hub基因,為CRC靶向治療提供一定參考。方法:從OpenTargets數(shù)據(jù)庫獲得CRC相關(guān)基因,使用Metascape對基因集進(jìn)行富集分析,確定基因集富集術(shù)語。采用STRING數(shù)據(jù)庫及CytoScape構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),采用MCODE尋找PPI網(wǎng)絡(luò)中的功能模塊(子網(wǎng))。根據(jù)功能模塊中節(jié)點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)屬性確定Hub基因,通過文獻(xiàn)法和GEPIA數(shù)據(jù)庫對Hub基因進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果:共得到CXCL8、ERBB2、CYCS 3個Hub基因,它們均與CRC的發(fā)生和發(fā)展有一定關(guān)系,。它們均在CRC組織與正常組織中存在差異表達(dá),并與CRC患者的總體生存時間相關(guān)。結(jié)論:基于PPI的網(wǎng)絡(luò)分析可準(zhǔn)確預(yù)測CRC相關(guān)Hub基因和為CRC靶向治療提供參考。

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