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千里光莖和葉的差異表達基因分析

謝欣; 錢秋博言; 賀莉芳; 李林; 楊春先; 左青青; 錢剛 遵義醫(yī)科大學細胞生物學教研室; 貴州遵義563000; 黔南民族醫(yī)學高等??茖W校護理系; 貴州都勻558003
  • 千里光
  • 高通量測序
  • 差異表達基因
  • 莖和葉

摘要:以千里光(Senecio scandens Buch.-Ham.ex D.Don)強抗菌性植株SC-32為研究對象,分別提取其莖和葉的總RNA,經(jīng)質(zhì)量檢測合格后構(gòu)建cDNA文庫,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量測序平臺對千里光莖和葉的cDNA文庫進行轉(zhuǎn)錄組測序,篩選差異表達基因,并運用Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG數(shù)據(jù)庫對差異表達基因進行功能分析。結(jié)果表明:從千里光莖和葉的cDNA文庫中分別獲得26 147 016和26 996 119個clean reads,Q30值分別為95.17%和94.74%,說明其轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果良好。從千里光的莖和葉中共篩選到10 991個差異表達基因,以莖中差異表達基因的表達量為準,葉中上調(diào)的差異表達基因有5 542個,下調(diào)的差異表達基因有5 449個。千里光的莖和葉中共有7 683個差異表達基因被GO功能注釋成生物過程、細胞組分和分子功能3個大類53個亞類,且這些差異表達基因與信號傳導途徑、次生代謝過程、細胞組分合成和酶催化活性等密切相關。KEGG代謝通路分析結(jié)果表明:共有4 527個差異表達基因,涉及50個代謝通路,主要參與碳代謝、氨基酸生物合成及淀粉和蔗糖代謝。研究結(jié)果顯示:千里光莖和葉的差異表達基因具有器官特異性,并且,其莖和葉的分化和形成與多糖和蛋白質(zhì)累積密切相關。

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植物資源與環(huán)境學報

  • 預計1-3個月 預計審稿周期
  • 0.97 影響因子
  • 環(huán)境 快捷分類
  • 雙月刊 出版周期

主管單位:江蘇省科學技術廳;主辦單位:江蘇省植物研究所;中國科學院植物研究所;江蘇省植物學會

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